采用物理因素杀灭、消除环境中的致病性微生物，或抑制其生长繁殖，常用的方法包括：
一、自然净化
自然因素包括日晒、干燥、高温等，被称为大自然的净化作用。
二、机械除菌
利用机械的冲击力和阻留，消除物体表面和水及空气中的微生物，从而达到净化的目的。常用的方法有：擦、抹、冲洗、扫、刷、通风、过滤等。目前，生物洁净技术已在工业、医疗卫生和食品加工企业等方面得到广泛应用，其原理就是将进入室内的空气经多级过滤，从而使进入室内的空气清洁无尘。
三、热力消毒和灭菌
热力消毒包括干燥、湿热和焚烧，在消毒灭菌上应用广泛，在保藏和防腐上亦应用。近年来，热力灭菌的主要发展是采用预真空和脉动真空灭菌器，这种灭菌器的优点是消毒柜内冷空气排放较彻底，消毒时间短且效果可靠。
四、辐射灭菌
辐射灭菌包括电离辐射灭菌、紫外线灭菌、超声波消毒和微波消毒。电离辐射灭菌一般采用钴辐射灭菌，或采用电子加速器，利用高能电子束灭菌。紫外线消毒目前是我国空气和表面消毒的常用方法，在水和其他液体的消毒中也有应用。微波消毒是当前深受重视的一项新消毒技术，一般采用2540MHz和915MHz的微波消毒，前者升温快、杀菌作用强、消毒时间短，但穿透力较弱，一般用于小件物品消毒。超声波可以用于净化表面和液体。虽然它对各种微生物均有杀灭作业，但作业较弱，一般不能单独用作消毒。
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